Bahagian Fatwa dan Buhuth :

• Menguruskan pengeluaran Fatwa; dan
• Menjalankan kajian dan penyelidikan berkaitan Fatwa.

Bahagian Falak Syarie :

• Pendidikan ilmu Falak Syarie / Astronomi;
• Kajian dan penyelidikan berkaitan Falak Syarie / Astronomi;
• Pengurusan Balaicerap Al-Khawarizmi dan astro-pelancongan; dan
• Pengurusan sumber maklumat Islam berkaitan Fatwa dan Falak Syarie /
  Astronomi.

Bahagian Sumber Maklumat:

• Pengurusan sumber maklumat Islam berkaitan Fatwa dan Falak Syarie /
  Astronomi
• Menguruskan perpustakaan jabatan
• Menguruskan percetakan dan penerbitan jabatan

Bahagian Teknologi Maklumat (ICT) :

• Perkhidmatan ICT bagi kegunaan jabatan;
• Pembangunan dan penyelenggaraan sistem maklumat bagi kegunaan
  jabatan; dan
• Program e-masjid Negeri Melaka.

Bahagian Khidmat Pengurusan:

• Urusan Pentadbiran Am Jabatan
• Urusan Perkhidmatan Kakitangan dan Pembangunan Sumber Manusia.
• Pengurusan Kewangan Jabatan